到了江宁之后，袁世凯命吴凤岭把家眷先护送到河南陈州老宅居住，他则只身来见两江总督刘坤一。刘坤一为了了解战事，向袁世凯详细询问了日本海军的作战能力，以及日本陆军的枪械、兵额等情况。袁世凯一一作了回答。最后，刘坤一这样对袁世凯说道：“看样子，倭寇是有备而来，不把朝鲜图到手，他是不会善罢甘休的。慰亭，你这次回来，大概是回不去了，有何打算啊？”
袁世凯答：“晚生以后如何，需要见过北洋李傅相之后才能决定。”
刘坤一说：“你人还未从朝鲜动身，你的事就已传遍两江。说东学党的人为了要你的命，曾经三次潜入公署欲行不轨。是不是真的呀？”
袁世凯摇头说道：“不光东学党匪想要晚生的命，连倭寇和大院君，也想置慰亭于死地。大鸟圭介真是太坏了，明着一套，暗着一套，否则，局面不会如此被动！——想起来，晚生真是太大意了，上了倭寇一个大当！”
刘坤忽然问一句：“慰亭，你说倭寇的海军，当真强过我北洋水师？照这么说，前景不是很堪忧吗？”
袁世凯默默点了点头。
和刘坤一别过，袁世凯
李鸿章此时正处
海战的结果：北洋舰队损失“致远”“经远”“超勇”“扬威”“广甲”（“广甲”逃离战场后触礁，几天后被自毁）五艘军舰，死伤官兵千余人；日本舰队“松岛”“吉野”“比睿”“赤城”“西京丸”五舰受重创，死伤官兵六百余人。此役北洋水师虽损失较大，但并未完全战败。然而李鸿章为了保存实力，命令北洋舰队躲入威海卫内，不准巡海迎敌。日本于是夺取了黄海的制海权。
为防日军陆军从鸭绿江侵入中国境内，清政府紧急从各部抽调两万八千人，
袁世凯说：“晚生行前，少川对我说，我与倭寇之战，本不该
李鸿章从桌上拿起一封密函，说：“本该让你歇几天，怎奈事机日迫，刻不容缓。玉山臬台现
奉到差委，袁世凯带着驻朝鲜时的原班卫队，李鸿章又从直隶防营抽调了百十名悍之士，凑成二百人，飞赴凤凰城来见周馥。周馥一见袁世凯赶到，稍事寒暄，便开始给袁世凯分派任务。
周馥说：“慰亭，现
袁世凯接过一看，见纸上明晃晃写着‘开诚忠告十八省之豪杰’。
檄文这样写道：“先哲有言曰：‘有德受命，有功受赏。又曰：‘唯命不于常，善者则得之，不善者则先哲有言曰失之。’满清氏元（原）塞外之一蛮族，既非受命之德，又无功于中国，乘朱明之衰运，暴力劫夺，伪定一时，机变百出，巧操天下。当时豪杰武力不敌，吞恨抱愤以至今日，盖所谓人众胜天者矣。今也天定胜人之时且至焉。
熟察满清氏之近状，入主暗弱，乘帘弄权，官吏鬻职，军国渎货，治道衰颓，纲纪不振，其接外国也，不本公道而循私论，不凭信义而事诡骗，为内外远迩所疾恶。曩者，朝鲜数无礼于我，我往惩之，清氏拒以朝鲜为我之属邦，不容他邦干预。我国特以重邻好而敬大国，是以不敢强争焉，而质清氏，以其应代朝鲜纳我之要求，则又左右其辞曰，朝鲜自一国，内治外交，吾不敢关闻。彼之推辞如此也。而彼又阴唆嗾朝鲜君臣，索所以苦我日本者施之。昨东学党之事，满清氏实阴煽之而阳名镇抚，破天津之约，派兵朝鲜，以遂其阴谋也。善邻之道果安
抑贵国自古称礼仪国，圣主明王世之继出，一尊信义，重礼让。今蔑视他邦，而徒自尊大，其悖德背义莫甚矣。是以上天厌其德，下民倦其治，将卒离心，不肯致心，故出外之师，败于牙山，歼于丰岛，溃于平壤，溺于海洋。每战败衄，取笑万国。是盖满清氏之命运已，而天下与弃之因也。我日本应天从人，大兵长驱。以问罪于北京朝廷，将迫清主面缚乞降，纳我要求，誓永不抗我而后休矣。虽然，我国之所惩伐
夫贵国民族之与日本本民族同种、同文、同伦理，有偕荣之谊，不有与仇之情也。切望尔等谅我徒之诚，绝猜疑之念，察天人之向背，而循天下之大势，唱义中原，纠合壮徒，革命军，以逐满清氏于境外，起真豪杰于草莽而以托大业，然后革稗政，除民害，去虚文而从孔孟政教之旨，务核实而复三代帝王之治。我徒望之久矣。幸得卿等之一唱，我徒应乞于宫〈而〉聚义。故船载粮食、兵器，约期赴肋。时不可失，机不复来。古人不言耶：天与不取，反[而]受其咎。卿等速起。勿为明祖所笑！”
袁世凯放下檄文：“想不到，强盗也讲师出有名。”
周馥：“现
袁世凯：“世叔啊，关内各路人马正
周馥：“这样，战事越来越近，风声越来越紧。我给你五天时间，你各处走一走，看看哪里适合设总粮台，哪里设分站。考察好了，你打个通禀过来，我们再计议。你歇一晚上，明儿动身如何？”
袁世凯起身说：“风声这么紧，我还等什么明儿啊，我一会儿就带人出
周馥点一下头：“这样也好，辛苦你了。慰亭，我
袁世凯施礼：“世叔，战事再紧，您老也要保重身子骨啊。”
周馥长叹一口气：“衅端一开，前景难测。”
经过连续几日的奔波、考察，袁世凯决定把总粮台设
周馥想了想，认为袁世凯所提建议甚合机宜，便把禀文一字不易地报给李鸿章，请求批准。李鸿章一看禀文落款是袁世凯，盖的关防却是前敌营务处，便知道周馥已经同意。马上便行文一道，全盘照准。
不多几日，袁世凯便奉李鸿章和周馥之命，投入到新民总粮台和各分站的筹建之中。他一定要抢
出仕以来，袁世凯一直