左宗棠进京不久，圣旨便颁下：“大学士左宗棠，著管理兵部事务，
左宗棠接旨的当日就上折请假养病。慈禧太后允准。
一
左宗棠
李莲英为了能给左宗棠留个好印象，特命人从江南运来野山茭一竹筐，又
但左宗棠不仅没有见李莲英，还让身边的戈什哈传话：好好伺候太后，不要干违法的事。李莲英气得直拿脑袋撞墙，他决定把左宗棠撵出京城。
果然不久，朝廷便让病重的左宗棠赶往金陵，出任两江总督。
左宗棠立像光绪八年（公元1882年）四月十一日，左宗棠病势减轻，决定乘船东下，
据《左宗棠年谱》记载，左宗棠的官船
六月初十日，七十岁的左宗棠乘船到江北兵后，不期
可他还记挂着新疆建省的事。
朝廷再次命他进京养病，授为军机大臣，管理神机营事务。
二
光绪十年（公元1884年）七月初三日，法国远东舰队突然袭击福建水师，致使福建水师七百余名官兵遇难。法舰队随后炮轰福州船政局。大清国被迫对法国宣战。
这时，李莲英又抓住机会对慈禧太后进言，说左宗棠卧房的门旁贴了一副对子，上联是：天下衣冠京邑盛，下联是：中兴人物楚材多。左宗棠还对人说：他这副对子的前一句是说京城里皇亲国戚都是衣裳架子，什么大事都办不了，只是摆设。后一句是说，只有湖南才出国家的栋梁之材。
据说慈禧太后听后很是生气，当晚就给左宗棠下了一道圣旨：“大学士左宗棠，著授为钦差大臣，督办福建军务。”
左宗棠无奈之下，只好抬上棺榇，抱病出京。
光绪十一年（公元1885年）六月十八日，病中的左宗棠从战略的高度，给朝廷口授了《台湾紧要请移福建巡抚镇摄折》，指出：“台湾孤注大洋，为七省门户，关系全局，请移福建巡抚驻台湾。”该折的最后，左宗棠建议台湾设立行省，以固海洋门户。
七月二十七日，左宗棠薨逝于福州钦差大臣行辕，年七十有四。
这就是左宗棠，一个把官场潜规则打个稀巴烂的晚清名臣；一个四十九岁才正式进入官场，不足一年便升为二品巡抚的大清奇才；一个让朝廷打破祖宗成法，破格一榜拜相的湖南骄子；一个永不言败、从不议和，生前便被封侯的清朝诸葛；一个外国人眼里，对中国国土贡献最大的一代名相。